慈航元君乃道教及中國民間信仰所信仰女神，她又名慈航真人、慈航道人、慈航仙姑、慈航大士、慈航普渡圓通自在天尊。道教經典中關於慈航元君的記載，最早是成書於西元397-402年間的《靈寶經》，然而由於原經失傳故現存道藏中的《靈寶經》 中已不見此女神的原文記載，但可根據唐代李善(630年－689年)所注六十卷《文選》中引據《靈寶經》的文句中見到慈航元君的記載內容，在此記載慈航元君乃為妙音女真。
《靈寶經》所記載慈航元君
李善註解《文選》<音樂下>所收錄西晉成公之《嘯賦》一文:
[于時曜靈俄景，流光濛汜。
李善注:『廣雅曰：耀靈，日也。俄，邪也。歸田賦曰：於時曜靈俄景。楚辭曰：出自湯谷，次于濛汜。淮南子，濛汜，日所入處。』
逍遙攜手，踟跦步趾。
李善注:『廣雅曰：蹢䠱，跢跦也。跢跦與踟躕古字通。左氏傳，蒍啟強謂魯侯曰：今君若步玉趾。』
發妙聲於丹脣，激哀音於皓齒。
李善注:『神女賦曰：朱脣的其若丹。楚辭曰：美人皓齒嫮以姱。響抑揚而潛轉，氣衝鬱而熛起。言聲在喉中而轉，故曰潛也。熛起，言疾。字林曰：熛，飛火也。』
協黃宮於清角，雜商羽於流徵。
李善注:『黃宮，謂黃鍾宮聲。清角，已見上文。宋玉笛賦曰：吟清商，追流徵。』
飄遊雲於泰清，集長風乎萬里。
李善注:『言所感幽深，有同龍虎。聖主得賢臣頌曰：虎嘯而風洌，龍興而致雲。泰清，天也。鶡冠子曰：上及泰清，下及泰寧。』
曲既終而響絕，遺餘玩而未已。良自然之至音，非絲竹之所擬。是故聲不假器，用不借物。近取諸身，役心御氣。
李善注:『周易曰：近取諸身。』
動脣有曲，發口成音。觸類感物，因歌隨吟。大而不洿，細而不沈。
李善注:『洿，漫也。琴道曰：大聲不震譁而流漫，細聲不湮滅而不聞。』
清激切於竽笙，優潤和於瑟琴。玄妙足以通神悟靈，精微足以窮幽測深。
李善注:『老子曰：玄之又玄，衆妙之門。禮記曰：夫禮樂通乎鬼神，窮高遠而測深厚。精微，已見上文。』
收激楚之哀荒，節北里之奢淫。
李善注:『楚辭曰：宮庭震驚發激楚。王逸曰：激楚，清聲也。史記曰：紂使師涓作淫聲，北里之舞，靡靡之樂。』
濟洪災於炎旱，反亢陽於重陰。
李善注:『言有洪水之災，濟之以炎旱；有亢陽之災，反之於重陰。說苑曰：湯時大旱七年，煎沙爛石。靈寶經曰：禪黎世界，墜王有女，字姓音。生仍不言。年至四歲，王恠之，乃棄女於南浮桑之阿，空山之中。女無粮，常日咽氣，引月服精，自然充飽。忽與神人會於丹陵之舍，柏林之下。姓音右手題赤石之上。語姓音：汝雖不能言，可憶此文也。遣朱宮靈童，下教姓音治災之術，授其采書八字之音，於是能言。於山出，還在國中。國中大枯旱，地下生火，人民焦燎，死者過半。穿地取水，百丈無泉。王悕懼，女顯其真，為王仰嘯，天降洪水至十丈。於是化形隱景而去。』
唱引萬變，曲用無方。
李善注:『鄭玄論語注曰：方，常也。』
和樂怡懌，悲傷摧藏。
李善注:『摧藏，自抑挫之貌。言悲傷能挫於人。琴操，王昭君歌曰：離宮絕曠，身體摧藏。』
時幽散而將絕，中矯厲而慨慷。矯，舉也。徐婉約而優遊，紛繁騖而激揚。情既思而能反，心雖哀而不傷。
李善注:『毛詩序曰：關雎哀而不傷。總八音之至和，固極樂而無荒。毛詩曰：好樂無荒。』]
所謂嘯指的是吹口哨，西晉成公之為吹口哨作賦而讚嘆，唇齒間發出美妙的樂音，歡樂悲傷皆可以盡興。吹口哨之樂音抑揚頓挫可以過渡無形，氣息噴湧奔流能夠石破天驚。黃宮清角協調無比，商羽流徵配合默契。像白雲漂遊在九天，像長風吹拂到萬里。樂曲奏畢樂音止息，無窮回味長留心底。真是自然界的天籟，各種樂器無法比擬。奏樂不用樂器，表情無須工具。運用我們的器官，變換相應的氣息。張口就有樂曲，出氣即生旋律。既可抒發對事物的感受，也能伴隨著歌曲的節奏。樂音大時不惹反感，小時不會遺憾。比笙竽清脆明亮，較琴瑟連貫流暢。奇妙得能夠溝通神明，精細到足以描述心靈。沒有《激楚》樂曲的刺耳，也無《北里》舞蹈的矯情。而《嘯賦》中「反亢陽於重陰」一句，李善引用《靈寶經》的姓音典故，大旱時「女真姓音」作嘯(吹口哨)，呼喚來長空里降下的甘霖來註解。
《太上洞玄靈寶圓通天尊慈航元君本行妙經》之姓音傳說
此經則較前文引用《靈寶經》所記載之姓音傳說更為詳細：禪黎世界之中，妙莊國土之內，王號妙莊。莊王有女，諱字姓音，乃是通明殿中，玉駕前聖，奉令下生中土。生時有口不言，默默而過。年歲四春，莊王怒之，生汝何用。乃棄姓音於南浮桑阿空山中，時經日長月久，雲過雨休。姓音無糧，常日嚥氣，引月服精，自然充飽。 忽與神人，會於阿空山頂，丹陵之舍，柏林之下。姓音勇伸右手，手題赤石之上。神人語姓音，汝雖不能言，可憶此文矣。姓音觀視手下赤石，靈光頓悟，徐徐頓首。 神人觀畢，指點天空，遣朱宮靈童。靈童下降，勤傳姓音醫治之術，授其採書入字之音。姓音得之真傳，於是口開能言，叩首百拜神人，便欲出阿空山。神人叫住，示姓音隨至跟前。姓音會意，尊進神人之旁。 神人言曰，汝非等閒之輩，乃是通明之臣。昔受天帝敕令而下降夫塵，轉換坤身。以便方方闡教，處處度靈。今授吾之妙法，雖非上頂密功。卻乃濟世之能。再授汝白玉淨瓶一樽，樽中若現楊柳一枝，便是夫世受災之時。汝須觀其音向，聞其音丁，隨其音聲，尋至救世。待此瓶楊柳不開，便是世人度盡，亦是汝回返通明之日，汝須謹記。 姓音尊領法示。百拜而退。 時妙莊國內，受之枯旱之厄。天降赤光，地土生火，人民焦燎，殃者萬半，穿地取水而百丈無泉，搗山覓源而千里皆幹，莊王巨懼，向天仰嘯。 是時，天開雲路，顯一女真，女真手持淨瓶，淨瓶中之楊柳。突發豪光萬丈。升空再而下降。來至火焰之上。點而三點，灑至三灑，時天降洪水，高至數丈，遇火即熄，遇焰便滅。頓時一片清涼，炎氣全消，千里皆得救濟，萬靈得以解脫。莊王欣慰，向天叩拜，乃見女真原為姓音，一時心有所感，頭叩不住，聲聲呼喚。姓音微微頓首，化形隱景而去。」
除了記載身世，此經也描述女神的形象是「面容慈悲。身騎金毛雄獅。遊行四方。聞苦救濟。遇旱灑霖。無處不顯。」
又，她的法名「圓通天尊慈航元君」的圓通與中國佛教創作的《楞嚴經》有關，此經乃是唐朝僧人參考唐朝國教道教的《本際經》所編寫之佛經，將《本際經》中「道體之玄牝」改成佛教的「如來藏」，如此《楞嚴經》的如來藏即如道教的「玄牝」一樣，能生萬法。
參考道教《本際經》之《楞嚴經》的圓通大士
在中國唐代由漢人所造的《楞嚴經》中記載觀世音菩薩於因地修行時，她的「最白淨處（菩提心從無垢識所發心）之自性觀音如來」，此自性觀音如來教導觀世音菩薩『從聞思修，入三摩地』修耳根圓通三昧，由於《楞嚴經》所載的二十五圓通以觀世音菩薩修證之耳根圓通最為殊勝圓滿究竟，所以華人尊稱觀音媽為『圓通大士』。
觀世音菩薩在中國所撰寫的《楞嚴經》述說她於因地之修行「我最初於修習返聞自性的法門中，溯逆聲塵之流而入於聞性流，以背塵回性故亡失所聞之聲塵;所聞之塵及能聞之耳入(耳根)既已寂止(塵既亡,根亦寂)，於是便得照見聲塵之動靜二種相,瞭然不生(有聲之聲不生，無聲之聲亦不起，一切聲塵寂止。)如是觀行之力漸增，能聞之耳識及所聞之聲皆滅“盡不生。雖然我已能達到滅盡了能聞、所聞的境界,但我並不於此證境而生住著之心;於是舍此境界，再進一步照了能覺之智及所覺之理亦悉“空”寂無生;以覺所覺空,故達到一種空覺之境，這種空覺之境又漸漸增進變得極其圓滿。然而這空覺之境中，仍有能空所空，故又進而依如來藏心而觀了:一切能空之智及所空之境實本自寂滅，皆本如來藏妙真如性(道教則為道體玄牝)。如是，既證能空之智、所空之境既本寂滅不生,即一切生滅之二法皆滅;一切生滅法既本自寂滅，則究竟寂滅之無上大涅槃便現前證得。以證寂滅現前故，忽然超越世間與出世間、有為與無為一切法，而得親見十方世界圓”滿明徹，因此更獲得二種殊勝之證境:一者，上合十方諸佛所證之本妙覺心，且亦與佛如來產生同一慈力，能濟拔無量眾生。二者，下合十方世界一切六道眾生之心，與諸眾生同一悲仰如來菩提解脫道之甘霖。」 又自性觀音如來授觀世音菩薩如幻化之返聞熏轉八識、返聞修證圓通之耳根圓通金剛三昧，乃得與諸佛如來同具慈悲濟拔眾生之力用，故令她身能成三十二應化身，以入於十方諸佛國土，廣度眾生。此三十二應名微妙清淨之三十二應化，即是普門示現入諸佛國土所現之身，此等皆是“以金剛三昧之力，返聞熏轉八識，返聞修證圓通，所起之無作妙力，自在成就。
觀世音菩薩又以此返聞而熏轉八識，返聞而修證圓通所依之金剛三昧無作妙力，而得與諸十方三世六道一切眾生同悲仰菩提涅槃故，令諸眾生於我身心獲得十四種無畏功德之益，她並以十四施無畏力，福蔭周被於一切眾生，亦即所謂普門示現也。 觀世音菩薩又以所獲得真實圓通，以之而修證無上菩提道故，又能善獲四種不可思議之無作妙德，四不思議無作妙德如下:
- 妙身不思議觀世音菩薩初獲妙聞心，心精遺聞，見聞覺知不能分隔，成一圓融清淨寶覺。故她能現眾多妙容，能說無邊秘密神咒。或慈或威，或定或慧，救護眾生，得大自在。
- 妙語不思議觀世音菩薩由聞思，脫出六塵，如聲度垣，不能為礙。故她妙能現一一形，誦一一咒。其形其咒，能以無畏施諸眾生。是故十方微塵國土，皆稱觀世音菩薩為施無畏者。
- 妙意不思議觀世音菩薩修習本妙圓通清淨本根，所遊世界，皆令眾生捨身珍寶，求我哀愍。
- 妙法不思議觀世音菩薩得佛心，證於究竟。她能以珍寶種種，供養十方如來，傍及法界六道眾生。求妻得妻，求子得子。求三昧得三昧，求長壽得長壽，如是乃至求大涅槃得大涅槃。
又《楞嚴經》記載自性觀音如來讚嘆她觀世音菩薩善得圓通法門而授記為觀世音(即證得自性如來藏)，而觀照耳根聽聞之性，照了十方眾生，周遍圓明無不了知，無不救濟，故觀世音之名遍十方世界。文殊菩薩如此讚嘆觀世音菩薩的耳根圓通法門:『良哉觀世音，於恒沙劫中，入微塵佛國，得大自在力，無畏施眾生，妙音觀世音，梵音海潮音，救世悉安寧，出世獲常住。』
《歷代神仙通鑑》之慈航大士
明代編修的《歷代神仙通鑑》記載:「普陀落伽岩潮音洞中有一女真，相傳商王時修道於此，已得神通三昧，發願欲普度世間男女。嘗以丹藥及甘露水濟人，南海人稱之曰慈航大士。」
她所修的道乃是道德天尊所傳之道德經，即所謂:「道可道，非常道。名可名，非常名。無名天地之始；有名萬物之母。故常無欲，以觀其妙；常有欲，以觀其徼。此兩者，同出而異名，同謂之玄。玄之又玄，衆妙之門。谷神不死，是謂玄牝。玄牝之門，是謂天地根。綿綿若存，用之不勤....」潮音洞亦如玄牝而修道也。
《續道藏·搜神記》 之妙善公主
明代萬曆年間《續道藏·搜神記》中卷三記載： 「昔有一國王號曰妙莊王，三女，長妙音，次妙緣，又次妙善，善即菩薩也。王令其贅，不從，逐之後花園，居之白雀寺，尼僧苦以搬茶運水，鬼使代之。王怒，命焚寺，寺僧俱毀於焰，而菩薩無恙如初。命斬之，刀三折。命縊以白練帶，忽黑霧遮天，一白虎背之而去屍多林。青衣童子侍立，遂歷地府過奈河橋，救諸苦難，還魂再至屍多林。太白星君化一老人，指與香山修行。後莊王病惡，剜目斷臂救王，王往禮之。爾時道成，空中現千手千眼靈感觀世音菩薩奇妙之相，永為香山顯跡雲。 」
這是改編自中國佛教的《香山大悲菩薩傳》。《香山大悲菩薩傳》之內容詳見此。
《元始天尊說靈感觀音妙經》之妙善公主
爾時，元始天尊在大赤天中、大福堂國，會同三十二天帝君，日月星宿，上聖高真，中界嶽庭，洞天福地，五湖四海，三界四府，一切衆聖，具臨法會。嘯鳳鳴鸞，麒麟獅子，鸚鵡白鶴，五色毫光，照燭三界，俱同一相，琉璃清瑩，洞徹無礙，天樂徘徊。鐘鼓自鳴，召集十方，同侍御前。
爾時，會中有一玉女，名曰妙光，朝覲作禮，上白天尊言：「臣妃有緣，得侍瓊軒，切見閻浮世界、九州萬國、一切衆生常遭厄難，因諸業緣，苦惱縈纏，生死輪轉，何能救度？惟願天尊大聖，開示愚懷。」
天尊言：「善哉善哉！三元門下，救苦會中，有靈感觀音大士、圓通自在天尊，乃九靈太妙白玉龜臺夜光金精祖母元君分炁化形，往昔劫中，發廣大願，誓救衆生，若有善男子善女人，遭逢厄難，一心稱念觀音大士弘名聖號，尋聲赴感，即得脫離患難，獲大吉祥。」
妙光玉女稽首再拜，重白天尊言：「不審觀音大士往昔劫中積修妙行，其事雲何？伏願大慈哀憫，垂賜訣言，以廣利濟，以開愚蒙。」
天尊言：「往昔劫中，有興林國土，王號妙莊，后名寶德，連生二女，各各聯姻。其三公主名曰妙善，乃昔皇后夢吞月光，覺而有娠，懷胎十八箇月，於上皇十六年壬申之歲二月十九日午時誕於王宮。生而靈妙，長而慈仁，斷除情慾，願度女流，化育王宮，誓不敘婚。父王震怒，逐出宮門，即至白雀庵中出家學道，勤苦功行，精誠所感，靈官持守，丁甲護衛，圃蔬冬茂，廚側湧泉，種種神異，不可思議。庵主見是稀有，遂上奏莊王，王差校尉燒滅庵堂。公主告天，感動玉帝，速差雷部，霎時大雨，頓息火光。」
天尊言：「是時，公主還宮謁父，宮人哀勸，朝臣諫告，然公主一心向道，不願招婚。莊王俞恨，立發法場。是時，諸天聖衆在虛空中，冥加扶助，刀斧難傷。忽有山神化作猛虎，馱去公主，指引迷途，天神護送，地祇伴行。於是公主身登香山，靈芝仙草滋潤身田，清泉甘露滌除塵垢，斷滅魔障，潛心悟道。」
天尊言：「爾時，莊王有難，身生毒瘡，公主遙見父王疾病，不能脫體，化作仙人，當朝見駕，面奏莊王曰：『大香山中，有一女真，取其臂目合藥，自然聖體安痊。』莊王聞奏，即差值殿將軍前往香山，取之女真臂目而歸，令合妙藥。莊王服之，一時痊癒，宮中上下齊同拜謝，仙人辭謝，登雲而去。皇后見影，欲似公主。於是，莊王及諸后妃臣僚至山還願，母女相逢。二姊學道，莊王發心，同登道岸。」
天尊言：「爾時，妙善公主於上皇四十二年六月十九日功成果滿，白日昇天，具足臂目，千手千眼，大顯靈通，妙相端嚴，光明晃耀，巍巍堂堂，如星中月，一一變化。善才龍女來迎公主，玉帝聞其慈悲，賜號『觀音大士』，與之楊枝淨瓶，敕鎮南海勝境，委其救拔諸苦，以度天下衆生。若欲修奉受持之者，當於朝夕禮誦經咒，稱念聖號，隨意禱求，無願不滿。」
爾時，天尊即說咒曰：
九靈祖母，墉城示現，欲度衆生，化身塵凡，
興林公主，名曰妙善，果證觀音，敕賜道前，
圓通救苦，自在天仙，威德寶相，誓願無邊，
千手千眼，顯諸神變，尋聲赴感，乘駕法船，
善才龍女，承待几筵，萬神拱衛，羣魔侍軒，
上朝玉帝，下濟陽寰，楊枝甘露，遍灑人間，
生靈得度，死魂升遷，災殃殄滅，吉慶來駢，
皈依瞻仰，滅罪消愆，稱名禮念，福增壽延，
德齊天地，道合玄元，拯提類趣，億萬斯年。急急如律令。
天尊言：「世間若有善男子、善女人，但遇三元五臘，四時八節，甲子庚申，每月三九，斗降本命，朔望之辰，請正一道士，或在宮觀，或於家庭，燃燈誦經，修齋设醮，供養三寶，燃燈燒香，放生續命，轉誦此經，或三遍五遍，或十遍百遍，即得觀音大士大捨慈悲，垂光下降，化身救度，火不能燒，水不能溺，妖邪鬼魅皆得消亡，惡人賊盜悉自退散，官非和釋，口舌潛消，財寶充溢，衣食自然，子孫榮貴，吉祥熾盛。臨危之時，但冥心禱告，稱念『靈感觀音大士、圓通自在天尊』聖號，即得大士尋聲赴感，一切厄難悉得解脫，一切所求無不如意。宜當殷勤依教奉行。」
爾時，妙光玉女、在會諸衆得聞天尊宣說無上妙法，俱各稽首道前，歡喜踴躍，齊聲讚揚而作頌曰：
皈命觀世音，國土得清平。 皈命觀世音，風雨順時清。
皈命觀世音，家宅萬代興。 皈命觀世音，百穀盡生成。
皈命觀世音，六親眷緣亨。 皈命觀世音，營謀稱心情。
皈命觀世音，邪魔自皈正。 皈命觀世音，財物自豐盈。
皈命觀世音，三災八難平。 皈命觀世音，福祿總來臻。
皈命觀世音，闔門壽長生。 皈命觀世音，萬病保安寧。
爾時，妙光玉女及在會諸衆說是頌畢，天仙地仙、一切聖衆聞說此經，皆大歡喜，信受奉行，作禮而退。
元始天尊說廣大靈感觀音妙經終
志心皈命禮 莊王毓秀，受帝命而誕生；教闡南洋，奉敕旨而救劫。隨聲感應，動念垂慈。聖德昭彰，玄功莫測。幽顯昭蘇而蒙恩濟度，品物咸賴以荷惠生成。外道仰依，邪魔皈正。尋聲救苦救難，隨心消厄消災。大悲大願，大聖大慈，碧落洞天帝主，圓通自在天尊。
護法韋陀，侍從龍女善財，聞說此經，皆大歡喜。信受奉行，作禮而退。
收經贊
圓通教主，自在觀音，普度衆生出迷津，柳頭甘露新，鬼敬神欽，福果利萬民。
大聖圓通自在大天尊 願以此功德，普及於一切， 誦經保平安，消災增福壽。
《元始天尊說靈感觀音妙經》之妙善公主除了改編中國佛教的《香山大悲菩薩傳》外，又此道經將觀世音視為九靈太妙白玉龜臺夜光金精祖母元君之分炁化形，九靈太妙白玉龜臺夜光金精祖母元君即是瑤池金母，也是台灣慈惠堂信仰和靈山派所稱的「母娘」，台灣民間也將觀音大士奉為母娘崇祀。
慈航元君的形象
慈航元君的形象為慈眉善目、妍麗端莊的女神，手持寶瓶與柳枝，她的坐騎為金毛犼或是神龍，其中乘龍之觀音具有海洋女神的性質。
姓音、妙音、妙善
依《靈寶經》、《太上洞玄靈寶圓通天尊慈航元君本行妙經》之記載，慈航元君的名諱為「姓音」，「姓」字之本字為「生」，「生」本義指人之生育，因此「姓音」即「生音」，《靈寶經》之姓音傳說，即敘述她如何從默語不言到產生聲音，拯救眾生降下甘霖。又有的版本將「姓音」寫作「妙音」，則應與隋天竺三藏闍那崛多共笈多譯《添品妙法蓮華經》(601年)之<觀世音菩薩普門品>的偈文:「妙音觀世音」有關，此句一解「妙音」是觀世音菩薩之法體，如此法體舒勝的妙音，可以觀察世間種種音聲而施予救度。
至於妙善一名則出自《香山大悲菩薩傳》，妙善也是佛經常用的字詞，如唐般若，牟尼室利同譯之《守護國界主陀羅尼經》云:「能作妙善業，此是般若母」，所謂妙善乃超越世間之善而為究竟圓滿真實善也。
道與如來藏
如前所述《楞嚴經》乃唐朝僧人參考唐朝國教道教的《太玄真一本際經》所編寫之佛經，《太玄真一本際經》之中心思想乃「萬物以道為體(體)，大道無為無名(性)，發生萬物(生)，萬物復歸於道(修)。」《楞嚴經》的作者則將此「道體」更改為「如來藏」──如來藏即是一切法的本體:五陰、六入、十二處、十八界、六大(地、水、火、風、空、識)以及根皆本際如來藏，空如來藏一切皆非(空性)，不空如來藏產生一切法，眾生滅除妄想回歸如來藏元明心妙。
「如來藏」的梵語Tathāgatagarbha，即是「孕育如來的子宮」而與《道德經》所言『道』這位孕育萬物、產生萬物而永恆的大母神，所擁有深邃玄妙的女性生殖器「玄牝」相通。『道』的陰道口名為『玄牝之門』，天地萬物就是從她的陰道口──『玄牝之門』所出生。玄妙的道母是永恆而不窮竭的，因此「緜緜若存」。「用之不勤」即「用之不盡」，道母作為宇宙根本原理，她令宇宙萬象發生的作用是愈勤愈出，無窮無盡的。『道』也就是『道母』在誕生萬物後，她也隨之存在宇宙萬物之中，因為她是萬物存在的原理，若無理則該物就不存在，這就是『德』，『德』是『道』的作用，也就是『道』的顯現，所以『道』和『德』只有全與分的差異，而沒有本質上的分別，萬物也因此能夠通過『德』返回生命之源的『道母』，萬物這種向生命本源回歸的作用，老子稱為『歸根』也叫做『復命』。
