《蒼き鋼のアルペジオ》在21世紀初，人類因全球暖化的影響而失去了大半的陸地。
此時，在世界各地突然出現了搭載著神秘超兵器、真面目不明而被人類稱為「海霧艦隊」的戰艦群，
以壓倒性戰鬥力把人類驅逐出海洋，切斷各大陸與島嶼之間的聯繫，令人類的文明和繁榮大幅衰退。
對「海霧艦隊」毫無招架之力的人類雖然失去了制海權，但並未放棄重新成為海洋的主人、
在海洋上自由航行的打算，一直謀劃著對「海霧艦隊」反擊的「大反攻」之日。
故事始於被稱為「大海戰」的人類和「海霧艦隊」首次交戰並慘敗的17年後，
原士官候補生千早群像與其同伴們搭上叛離「海霧艦隊」的潛水艦「伊401」，
並與「伊401」的心智模型「伊歐娜」一起接受突破「海霧艦隊」的海洋封鎖、運送人類反擊的希望的委託。
人類與海霧艦隊間的戰火再次展開……。
「イオナ(伊歐娜)」來自希伯來文「יוֹנָה(Yonah)」，意思是「鴿子」。
在希伯來的諾亞方舟神話中，大洪水將地上的一切淹沒，
挪亞與其家人連同同世上一些動物（每種一公一母）躲進方舟避難，
在大雨止住後，諾亞於方舟放了鴿子出去查探洪水的情況， 鴿子回來時叼了橄欖葉，
挪亞便確知洪水已經退走，一場浩劫已經過去，此後，叼著橄欖葉的鴿子引申為和平與希望的象徵。
另一方面面基督宗教中也以鴿子來作為「聖靈」・「聖母」的象徵。
鴿子象徵和平與希望，相當符合イオナ作為承繼和平的心願，傳達大和遺願的形象。
