物理學可追溯於自然哲學，化學的前身之一則可見於煉金術。若從 17 世紀的歷史語境來看，今日分得很清楚的物理、化學、神學與形上學，在當時其實尚未完全分家；像牛頓這樣的學者，被稱為 natural philosopher，其研究自然的工作，往往也被理解為更大整體追求的一部分，而這個整體追求還包含對神聖秩序的思考。
牛頓之所以被視為現代物理學的重要開創者之一，正是因為《自然哲學的數學原理》把早期近代的自然哲學大幅推向了現代物理科學。學界普遍認為，這部著作在自然哲學轉化為現代物理科學的過程中具有關鍵地位；就這個意義而言，牛頓不只是重要的數學家與物理學家，更是科學革命中最核心的人物之一。
然而，若只把牛頓理解成一位專注於數學(Mathematics)與力學(Mechanics)的科學家，便會忽略他思想世界的另一大半。從現存手稿與研究計畫可知，牛頓長期投入煉金術研究；在 17 世紀英格蘭，這類研究常被稱為 chymistry，而不是今日已明確分開的 alchemy 或 chemistry。印第安納大學的 The Chymistry of Isaac Newton Project 指出，牛頓在這一領域寫下並抄錄了約一百萬字的材料，相關活動跨越了他生命中的約三十年。這意味著，煉金術對他而言絕非偶然興趣，而是他長期而嚴肅的知識工作之一。
若置於當時的語境中，煉金術確實可以被理解為一門研究物質及其變化、轉化的學問。它所關注的內容包括金屬、鹽類，以及溶解、蒸餾、提純、轉化等現象；它與後來的 chemistry 具有明顯的連續性，但又尚未與傳統的 alchemy 完全分化，因此也不能直接等同於現代意義下已建立理論體系與方法規範的化學。換言之，牛頓確實可以說也非常熱衷於研究當時所謂的 chymistry，只是那還不是今天意義下成熟的化學。
更重要的是，牛頓追求的從來不只是幾條可計算的自然定律。從他的自然哲學、煉金術與宗教研究綜合來看，他真正想尋找的，是宇宙、物質與神聖秩序背後那套更深層、普遍而真實的原理。也因此，說牛頓「一生花了很多時間研究煉金術」，並不是要削弱他作為現代物理學奠基者的地位；恰恰相反，這正提醒我們：現代科學並不是從一開始就以今日的學科面貌出現，而是從自然哲學、神學與煉金術彼此交錯的知識世界中，逐漸分化、鍛造而成。牛頓正站在這個巨大轉折點上。
若要把這層意思濃縮成一句話，那麼可以這樣說：牛頓既是現代物理學的重要開創者之一，也是仍深深立足於自然哲學與 chymistry 傳統中的思想家；他所追求的，不只是自然定律本身，而是自然、物質與真理背後更統一的秩序。
