日本密教真言宗之總本山「教王護國寺(東寺)」的講堂內安奉有依照日本密教祖師「弘法大師(空海阿闍黎)」構想所造之『立體曼荼羅』。
此立體曼荼羅之配置與唐密祖師不空阿闍黎所翻譯的《仁王護國般若波羅蜜多經陀羅尼念誦儀軌》所載五大菩薩與五大明王對應相似，此經云:「五菩薩依二種輪現身有異:一者法輪，現真實身，所修行願報得身故;二教令輪 ，示威怒身，由起大悲現威猛故」。五大菩薩之真實身即法輪身，又名正法輪身，五大明王則是五大菩薩所現之教令輪身。以下依《仁王護國般若波羅蜜多經陀羅尼念誦儀軌》依序介紹:
- 「東方金剛手菩薩摩訶薩，依教令輪現作威怒降三世金剛，與彼東方持國天王及將無量乾闥婆眾毘舍闍眾而為眷屬」:金剛手即金剛薩埵乃正法輪身，降三世金剛即降三世明王乃教令輪身。
- 「南方金剛寶菩薩摩訶薩，依教令輪現作威怒甘露軍茶利金剛，與彼南方增長天王及將無量恭畔茶眾薜荔多眾而為眷屬」:金剛寶菩薩乃正法輪身，甘露軍茶利金剛即軍茶利明王乃教令輪身。
- 「西方金剛利菩薩摩訶薩，依教令輪現作威怒六足金剛，與彼西方廣目天王及無量諸龍富單那眾而為眷屬」:金剛利菩薩乃正法輪身，六足金剛即大威德明王乃教令輪身。
- 「北方金剛藥叉菩薩摩訶薩，依教令輪現作威怒淨身金剛，與彼北方多聞天王及將無量藥叉眾羅剎娑眾而為眷屬」:金剛藥叉菩薩即金剛牙菩薩乃正法輪身，淨身金剛即金剛藥叉明王乃教令輪身。
- 「中央金剛波蘿蜜多菩薩，依教令輪現作威怒不動金剛，與天帝釋及將無量諸天而為眷屬」:金剛波蘿蜜多菩薩為女性菩薩又名轉法輪菩薩乃正法輪身不動金剛即不動明王乃教令輪身。
東寺依「弘法大師(空海阿闍黎)」構想所造之『立體曼荼羅』與《仁王護國般若波羅蜜多經陀羅尼念誦儀軌》不同之處，東寺之立體曼荼羅五大菩薩之西方為金剛法菩薩也就是觀世音菩薩而非是金剛利菩薩(即文殊菩薩)，東寺之立體曼荼羅五大菩薩之北方為金剛業菩薩(即虛空庫菩薩)而不是金剛藥叉菩薩，所對應東寺之立體曼荼羅五大明王之北方則是金剛夜叉明王而非是金剛業所對應的烏樞沙摩明王，此外東密系統的五大明王之北方也立為金剛夜叉明王，反倒是天台密教才定以烏樞沙摩明王為五大明王之北方明王。
東寺之『立體曼荼羅』之五如來對應五菩薩和五明王也可與不空所翻譯的《攝無礙大悲心大陀羅尼經計一法中出無量義南方滿願補陀落海會五部諸尊等弘誓力方位及威儀形色執持三摩耶幖幟曼荼羅儀軌(補陀落海會軌)》的五部自性輪身與忿怒身相比較:
- 「降三世尊，阿閦佛忿怒，自性輪金剛薩埵菩薩」:東方阿閦如來的忿怒身為降三世明王，自性輪身為金剛薩埵。
- 「軍荼利，寶生佛忿怒，自性輪金剛藏王菩薩」:南方寶生如來的忿怒身為軍荼利明王，自性輪身為金剛藏王，金剛藏王為虛空藏之別名亦為金剛寶。
- 「六足尊，無量壽佛忿怒，自性輪文殊師利菩薩」又「馬頭觀音，無量壽佛忿怒，自性輪觀世音」：西方阿彌陀如來之忿怒身有二分別是「六足尊(即大威德明王)」以及「馬頭觀音」，自性輪身分別是「文殊師利菩薩（即金剛利）」與「觀世音菩薩（即金剛法）」。
- 「金剛藥叉，不空成就佛忿怒。自性輪即可是寂靜身，又穢積金剛為不空成就佛忿怒，自性輪金剛業也，穢積即鳥芻澁摩菩薩也」：北方不空成就之忿怒身有二，分別是「金剛夜叉明王」與「烏樞沙摩明王(即穢積金剛)」，自性輪身分別是「金剛牙(即寂靜身)」與「金剛業」。
- 「不動尊，毘盧遮那忿怒，自性輪般若菩薩」:中央大日如來忿怒身為不動明王，自性身即般若菩薩，全名為「般若波羅蜜多」即「金剛波羅蜜」。
東寺之『立體曼荼羅』與《補陀落海會軌》記載的差異即五菩薩之一的「金剛法」所對應對應的明王不是「馬頭觀音」而是「大威德明王」，五菩薩之一的「金剛業」所對應的明王不是「金剛夜叉明王」而是「烏樞沙摩明王」，由於東寺之『立體曼荼羅』與《仁王護國般若波羅蜜多經陀羅尼念誦儀軌》和《補陀落海會軌》之記載有以上相異處，因此日本學界主流認為這是日本密教「弘法大師(空海阿闍黎)」所原創的曼荼羅配置，又東寺之『立體曼荼羅』也影響日本密教之「三輪身觀」，即在「正法輪身」即五大菩薩的真實身和所對應的「教令輪身」即五大明王之外，將「自性輪身」立為是五大如來之身 (此與補陀落海會軌之所記載不符)，來闡述東寺『立體曼荼羅』之宇宙觀。。
金剛波蘿蜜多菩薩
金剛波蘿蜜多(Vajrapāramitā)菩薩為四波蘿蜜菩薩之一、大日如來四親近菩薩之首、金剛部之部母，她亦名「薩埵金剛女(Sattvavajrī)」，在《補陀落海會軌》則稱她為般若菩薩，也就「般若波羅蜜多(Prajñāpāramitā)」，如唐密祖師不空阿闍黎所譯的《金剛頂瑜伽金剛薩埵五祕密修行念誦儀軌》之記載，『金剛波羅蜜(薩埵金剛女，梵名:Satva-vajrī)即為「慾金剛(Iṣṭa-vajrī)」』，她亦名「般若波羅蜜(Prajñā-pāramitā)」，可證「金剛波蘿蜜多」就是「般若波羅蜜多」，再者在密教以「金剛」作為「般若」之象徵而能摧破一切無明煩惱障礙，可知金剛波蘿蜜多與般若波羅蜜多一如不二乃同一女尊。在《仁王護國般若波羅蜜多經陀羅尼念誦儀軌》稱她金剛波蘿蜜多亦名為「轉法輪(dharmacakrā)菩薩」。她的形象是妙女身，右手托法輪，右手持慢印，自在轉金剛法輪，在密教女尊豐滿乳滿代表以法乳養育眾生之德。然而由於日本密教承自中國唐代密教在中國禮教束縛下，所造密教女尊之佛像不像印度女尊佛像有豐滿胸部來凸顯女性性徵(額外一提，甚至在顯教轉男身成佛的歧視女性思想下，還會將密教的女尊佛像變性為男性形象，這根本違反密教兩性平等的思想)，因此東寺的金剛波蘿蜜多的佛像雖然為女尊但是缺少女性豐滿胸部之性徵。
她的右手也少了一法輪，其實在日本密教真言宗所流傳之《金剛頂經》與金剛界曼荼羅中的金剛波蘿蜜多(Vajrapāramitā)菩薩並無右手托法輪，左手持金剛慢印的形象，但是我在藏密的金剛頂系瑜伽系統的曼荼羅，即『金剛秘密曼荼羅』有見到此形象，如下圖阿爾金法輪寺的壁畫「金剛秘密曼荼羅」：
金剛秘密曼荼羅中央為「女尊大日如來」名為「金剛界主宰(Vajra-dhātv-īśvarī)」，她的梵名「Vajra-dhātv-īśvarī」，直譯為「金剛界自在女」乃為如來部之部母。在她的右前方為金剛波蘿蜜多(Vajrapāramitā)之位，可見金剛波蘿蜜多右手托金剛法輪，左手持金剛慢印，以及符合密教女尊造像的豐滿雙乳。
但是有些學者認為此女尊應是金剛界自在女(Vajra-dhātv-īśvarī)，因為作為金剛部母之金剛波蘿蜜多右手應該持金剛杵而不是持金剛輪，金剛輪是如來部之部母「金剛界自在女」所持的法器，代表她自在轉金剛界曼荼羅之法而為金剛界主宰。其實依金剛頂瑜伽密教「金剛界自在女」代表法界體性智乃「四波蘿蜜之四智」所成，則「金剛界自在女」與「四波蘿蜜」亦為不二，所以說她是大圓鏡智之金剛波蘿蜜多，說她是法界體性智之金剛界自在女也對。至於東寺之立體曼荼羅的五大菩薩之中尊「金剛波蘿蜜多菩薩」所依金剛頂瑜伽密教之原型則可從此『金剛秘密曼荼羅』見到。
