『阿摩羅識(amala-vijñāna)』為第九識，意譯為「清淨識」、「無垢識」、「真如識」、「白淨無垢識」。此第九識『阿摩羅識(amala-vijñāna)』即『自性清淨心(prakṛti-prabhāsvara-citta)』亦即「淨光明心」，『自性清淨心』也就是般若波羅蜜多，經由般若波羅密多之修證，其終究是呈顯眾生本有的『淨光明心』。《大日經》中將唯識瑜伽行派以「第八識阿賴耶識(ālaya-vijñāna)為認識自心本來不生」此境界為超越二劫瑜伽行，
真言密教瑜伽行者認識「自心如同虛空」，以般若波羅密多之修證，認識完全擺脫了從主體和客體的角度去思維的方式。她們擺脫了主、客體的侷限性，而以心實相智(般若波羅密多)覺悟心之實相，境智俱妙、無二無別，超越一切外道、小乘、部分大乘(如唯識瑜伽行派)所對於心的錯誤與片面的荒謬認識，而越度三劫瑜伽行。清淨如來種在此大悲胎藏(=般若波羅密多)中得以孕育生長成就菩提，由此脫離一切有為無為、一切造作、根塵境界，認識到一切都是從眾緣而生，因而無有自性，無自性即是本不生，本不生為自心之實際，而心實際亦不能執著，故得出極無自性心，這亦是觀十緣生句，所得證的空之境界。
由「極無自性心」而「如實知自心」，自心自覺、自心自證的即心成佛即「自性清淨心(prakṛti-prabhāsvara-citta)」。
真諦三藏所言:『阿摩羅識，是自性清淨心(prakṛti-prabhāsvara-citta)。但為客塵所汙，故名不淨。(略)........唯識義有兩：一者，方便：謂先觀唯有阿梨耶識，無餘境界，現得境智兩空，除妄識已盡，名為方便唯識也。二、明正觀唯識：遣蕩生死虛妄識心，及以境界一切皆淨盡，惟有阿摩羅識清淨心也。』阿摩羅識被染污八種意識所覆蓋，因此稱為客塵所汙，故名不淨，即凡夫境界。方便唯識即唯識瑜伽行派，而正觀唯識則是「如實知自心」之境界，自心即阿摩羅清淨心而自心自覺、自心自證。
這也是從般若波羅蜜多(證悟究竟空性圓滿智慧)，觀十緣生句，所得證的「空之境界」，所以兩儀式的「無垢識・空之境界」此名也是符合此思想的名相，閱讀大日經與大般若經就可以更為了解。
又，在聖鬥士星矢中『阿摩羅識(amala-vijñāna)』乃智慧女雅典娜完全覺醒所擁有的「第九感」。
