唯識其實是不懂大腦與神經系統生理功能所發展出謬論，如不知第六識之色根就是大腦，而妄言第六識沒有色根，提第六識之意根為末那識，這也是為什麼唯識學全然沒有辦法在現實情況應用，無法解決現實問題，諸如精神疾患、五種感官的障礙等等，而能以僅現代醫學能夠提出解決方式。話雖如此，由於唯識在日本密教設定為大乘法的最初住心，雖然不了義，但還是得提一下。
唯識
「唯識」是這個學派最一般的通稱，重在唯「識」所現的稱作「唯識學派」；重在禪修 所產生的認知的稱作「瑜伽行派」。「唯識」 是以「識」所現為主，但「識」所現還有兩種不 同的觀點，在梵文的使用上也不大一樣。一種是說：識所變現的，外面這個境界是我們的識所變 現出來的。這時是以「識」為主體，梵文用的是 vijñāna，英文可譯為 consciousness only；另一 種是說：一切的認知不離開我們的認知範圍，我 們所看到的一切，離不開自己的認識。此時的「 識」是指「認知」，梵文為vijñapti，英文可譯為 mere cognitive representation。差別在哪裡？ 這個些微的差別，可以用「認識論」和「存在 論」來區分說明。一個是在講外在的世界是怎麼 形成的，這是存在論；另外一個是說，我們怎麼 樣認知到外界，這就是認識論。在西方哲學中，存在論是ontology，是在探討存在的根底是怎麼 回事；認識論是epistemology，是在探討對外界 的認識是怎麼產生的，知識是怎麼吸收進心裡來的。
Ontology和epistemology的不同在於，一 個是在談存在，一個在談認知。當我們以vijñāna 來表示「唯識」時，指外在的一切為我們的內心所變現，比較重在存在論上談「唯識」。相對的，vijñapti 是 cognitive representation，是 顯現出來而能被認知的意思，很明顯是在談怎麼 樣認知到外界的東西。所以談「唯識」，不能不知道有這兩個不同的含義。早期的唯識重在談認識論，後期的唯識已經往存在論上偏移了。所以初期唯識跟後期唯識的偏重點不大一樣。大體的說，早期的唯識是在談認知是怎麼樣一個狀況， 後期的唯識重在談論外界的形成。
一切認識的所依：阿賴耶識
所依理與能依事：唯識學說兩大重點，第 一個是「阿賴耶識」，第二個是「三自性」。阿賴耶就是所依的理，或稱做所知依，是認知的 所依，是一切認識的來源。三自性就是依阿賴耶 而映現出的認識現象，即能依事。首先來談談阿賴耶。阿賴耶識(Ālayavijñāna )一般譯為「藏識」。阿賴耶(ālaya)是「藏」的意思，也可說是 「蓄藏」。我們內心深層處有一個大倉庫，這個倉庫儲存我們所經歷的一切，包括學習、記憶、 經歷等等，甚至無始以來的業力，也全部存在裡面。阿賴耶識又稱為「一切種子識」。因爲我們過去所經歷的、所造作的一切事，不管善的惡的，它都轉化成像種子一樣的東西，儲存在阿賴耶識裡，所以又叫「一切種子識」。
阿賴耶識還稱作第八識。早期佛教只講六識，包括中觀學派都講六識，即眼、耳、鼻、 舌、身、意等六識。六識以意識為中心，意識可以認知到前五識，前五識也是依意識而能作用。 與前五識同時作用的稱為「五俱意識」。比如說眼識，當眼根接收物體訊息的時候，必須有意識一起作用才能產生眼識，我們才能看到東西。如果只是眼根接收到了訊息，而意識不產生作用， 我們是無法看到東西的，這就是常說的視而不見。我們的認識就是六識對六境的認識，只是這個認識在佛教來説它不是客觀的，是被染污的。 我們一般人因為有貪嗔癡煩惱，因此六識認識六境時，都會對這個六境起染著、執著。那麼這些 貪嗔癡煩惱到底藏在哪裡呢？六識是剎那生滅的，而貪嗔癡煩惱則是一直跟著我們的，顯然六識無法蓄藏這些煩惱。唯識學家認爲第六識可以劃分成表層的和深層的，表層的是第六意識，深層的還可分爲第七識和第八識。貪嗔癡煩惱就潛藏在第七識裡，我們的記憶跟經驗，還有輪迴的 所有資料則藏在第八識即阿賴耶識裡面。阿賴耶識是中性的，只是很純粹的儲存資料而已，好的不好的它全收。 阿賴耶又稱為阿陀那。經論上說，當阿賴耶 稱為阿陀那時，有兩重含義：一是阿陀那作為投 胎識，也就是說，當有情的一期壽命盡時，阿賴 耶識就會依於重業的引導再去投胎，這時就稱為 「阿陀那」。二是執持根身，有情投胎之後得到 了一個新的報體，從一投胎的開時到命終，阿賴 耶都要執持這個報身，令其生命得以延續。這執 持根身令生命持續不斷時的阿賴耶也稱為「阿陀那識」。
阿賴耶識緣起
《阿含經》所說的緣起有「流轉」跟「還 滅」，就是苦集和滅道。「流轉」的苦、集一直生生不息的輪迴，在唯識學裡面就稱作「遍計所執性」，因為它是由執著所成的；「還滅」 的滅、道稱爲「圓成實性」，因為是在說明解脫的真實。緣起法在唯識學裡就稱為「依他起性」 ，因為諸法的生起是依種種因緣而成，這裡的「 他」是指種種原因條件。依他起性、遍計所執 性、圓成實性就是唯識的「三性」。「依他起」 重在緣起法則的說明，「遍計所執」重在染污的流轉，「圓成實」是清淨的還滅。我們的生死輪迴，就是遍計所執。通過修行滅除煩惱，達到解脫的境界，就是圓成實。無論是生死流轉的遍計 所執性，還是解脫還滅的圓成實性，都依於「緣起」的法則，這「緣起法」就是依他起性。依他起性的「他」，在唯識學認爲，萬法生起的眾多 因緣條件中，阿賴耶識是主因，其餘都是輔助的條件。所謂「依他起性」就是依阿賴耶為主因，再配合其他條件，從而生起萬法和我們的認識。 這就是唯識學的「阿賴耶緣起」。
所謂依阿賴耶識生起世間萬法，其實是阿 賴耶識裡的「種子」現行變現而成的，是阿賴耶 識裡的「種子」能變現成我們所認識到的種種現象。「種子」是一種能生的功能性，是依各種因緣能從潛藏位轉換成各種現象的功能性，這種轉換稱為「現行」(samudācāra )。「現行」就是產生作用而顯現出來的意思。那麼種子從何而 來？從熏習而來。我們日常生活中的見聞覺知， 一切的所作所為，都會轉換成種子，存入阿賴耶裡。這個轉換和儲存就稱為「熏習」( vasanā )。
佛教理論認爲，人在認知外界事物時，除 了需要感覺器官即身根（眼、耳、鼻、舌、身） 外，還需要與之對應的「識」來配合，即眼睛需 要眼識的配合才能看到東西，耳朵需要耳識的配合才能聽到聲音等等。否則，就是「視而不見， 聽而不聞」了，唯識學認爲我們所有識的生起最基本的要具備四緣：親因緣、所緣緣、等無間緣 和增上緣，如此，他感官的認識的訊息即能熏進阿賴耶識裡。
阿賴耶識儲藏的種子有許多特性和功能，《攝大乘論》把它歸納成六點：
第一是「剎那滅」，就是很快消失的意思。這是指種子現行成為現象的當下， 種子就消失了。所以它是無常性的。
第二是「俱有」。是指種子生現行時，種子和現行作爲因果同時存在。種子是因，現行的這些現象是果。「 俱有」的意思是說種子剎那間產生現行時，在那個剎那，因果是同時存在的。接下來第二剎那種子和現行就同時消失了。
第三是「恒隨轉」，指的是種子功能不失。 種子沒有現行之前，它的功能一直都存在著，所 以稱做「恒隨轉」。在因緣不具備的情況下，種 子會一直存在，待因緣成熟，種子就會現行，一 旦現行，它便消失了。就好比一棵蘋果種子，如 果沒有因緣能接收到陽光水分，它是不會成熟變 成蘋果的；一旦有合適的條件，它發芽成長變成 蘋果，蘋果種子便消失了。種子還有一種特殊的 狀況，就是種子功能雖然在，如果現行的根本因 緣消失或滅除了，它就永遠不會再現行了，依《 俱舍論》的說法就是「緣缺不生」。就我們的 生死輪迴來說，煩惱是業種的產生、潤發和現行 的根本條件。煩惱對業有發業和潤業兩種功能。 依於煩惱，我們會造作各種善惡業，造了業，就 會有業力種子的存在。但業力種子必須再由煩惱去潤生它，才會現行讓造作者受報。我們的阿賴 耶中固然有許多的業種子，當我們通過修行對治 煩惱，直至斷除了煩惱，這時業種子功能雖在， 由於使它現行的根本條件（煩惱）斷除了，所有 就永遠沒有機會現行，我們也就脫離生死輪迴 了。從這個意義上說，只要一種子還未現行，二 根本因緣還沒被對治滅除了，無論多長的時間， 種子都有可能現行。
第四是「性決定」，是指三性決定，就是 指種子有善、惡、無記三性。例如我們內心有許 多「心所法」（用現代術語說就是心理活動、心 理現象），這些「心所法」中有許多是善的，如 信、不放逸、輕安、捨、慚、愧等等，這些善 法的種子其性質就是善的。也有很多是惡的，如 痴、放逸、懈怠、不信、惛沈、掉舉等，其種子 性質本身就是惡的。還有其他一些種子，如五根的種子，可變現山河大地的種子，其性質是無記性的。其中比較特殊的是業種子，業種子是由善惡業所成，但業種子的性質是無記的，只有可愛或非可愛性，所以業報也只有可愛或不可愛。雖然說種子有善、惡、無記三性，但在種子位時是看不出來的。
第五「待眾緣」，指種子需要各種因緣和 合才會現行。如前文說的我们要看到東西，需要 九種緣。第一要有光線；第二要有空間距離，並 且不能有物體遮擋；第三要有好的眼根，即是健康的器官；第四要有對象，就是要看的東西， 佛教稱為「色處」；第五作意，「作意」是一 種心所法，它有引心去注意對象的功能。如果心 不作意，我們就會視而不見。第六根本依，就是 阿賴耶識，阿賴耶識是一切認識的源泉；第七染 淨依，即第七末那識，一切染淨諸法皆依此識而 轉。就是說眼、耳、鼻、舌、身、意等六識，於 色、聲、香、味、觸、法等六塵境上，起諸煩惱惑業，這唯對一般凡夫而言。第八分別依，「分別」就是第六識，此識能分別善惡、有漏無漏、 色心諸法。眼等五根雖能取境，但皆依第六識而 有分別；最後是第九緣，眼識種子，眼識的現行必依眼識種子。九緣俱備，就產生視覺了。換句 話說，眼識種子要現行必須俱備其他八種條件。
第六「唯能引自果」，指各自種子引各自的 果法。如世間的穀麥種子，唯生穀麥等果一樣， 根種各引生六根，外六處種子各引生六處，六識 種子各引生六識。種子雖有許多特性和功能，但可統攝為以上六大特性。
從認識論到觀念論
佛教理論在討論人們的認識時，有一個從認識論發展到觀念論的過程，阿賴耶學說在其中扮演了很重要的角色。認識論主要是在探討我們如何認識客觀外境的。原始佛教、阿毘達磨或是中觀探討認識時，一般都說六根對六境，然後產生六識。
當我們的六識去認識外境時，會取一個外境相，然後映現在內心裡面， 第六意識再去認識分別這個「相」。這個映現於內心的相叫作「行相」，又叫做法塵（六境中的法）。比如說我看到一張椅子，我的心會攝取這張椅子的相，然後形成一個內心裡面的影像，然後心再去分析這個影像
無論是見、 聞、覺、知等，都是這個過程，稱為認識過程。 認識論學家認為這個外境是客觀的，是可以直接碰觸到它的，人們在認識的時候就像攝影一樣， 把這個外境搬進內心裡面，再去認識分析它。這 就是佛教最根本的認識論。
唯識學家在探討人們的認識時，從認識論的 基礎上依於阿賴耶理論漸漸發展出觀念論。觀念論認爲，人們認識到的一切事物，都離不開自己 的觀念（心識），外境也是內心所變現的。
當我們的感官接觸到外境 (A)時，會從阿賴耶中變現出一個相似外境的東西 (B)。同時，從阿賴耶中又會現出一個能分別了知 的識(C)。這個識心(C)再去分別了知由心所變現 的外境(B)。在這個過程中，無論是能分別的識心 (C)，還是所分別的外境(B)，都是由阿賴耶識所 變現而成的，所以稱為「唯識無境」。至於原本 的外境(A)，唯識學認爲它是客觀存在的，並且對 似境(B)有一定的影響力。只是由於我們的識心無 法直接認識到它，所以它的存在性並不是唯識學所要關注的重點。唯識學所關注的是似境(B)的存 在狀況，和我們的識心怎麼去認識它。唯識學家更進一步認爲，不但我們的六識和 所認識的外境（六處）是阿賴耶識所變現的，甚 至我們的感知器官（六根）也是阿賴耶所變現出 來的，並且作為六識產生的助緣。其中，六識加上染污的第七識，都是由阿賴耶識轉現出來的， 故稱為「七轉識」，相對於七轉識，阿賴耶就稱 為第八識或「本識」。3唯識學的經論指出，本 識和轉識互為因果。轉識固然是由阿賴耶識中的種子現行而來，但現行的轉識在認識到似境的當 下，會把新的訊息熏習進阿賴耶識中，這就成了 互為因果。唯識學就是依「種生現，現熏種」的過程完成其觀念論的。
唯識重要依據佛經《華嚴經》、《解深密經》、《楞伽經》
首先談《華嚴經》，《華嚴經》全名是《大方廣佛華嚴經》，目前漢譯有兩種全譯本， 東晉．佛陀跋陀羅譯的六十卷本﹙六十華嚴﹚和 唐．實叉難陀譯的八十卷本﹙八十華嚴﹚，其他還有許多的單行譯本。《華嚴經》可說是在談佛教的宇宙觀，重在闡述法身佛和重重無盡的國土。法身佛，又稱做毗盧遮那，是梵文Vairocana 的音譯，後來的翻譯又叫大日如來。Vairocana是光亮的意思，也是太陽光的意思，早期直譯就 叫毗盧遮那，後來的翻譯就叫大日如來。法身佛 不是一尊佛，是佛佛道同，是每一尊佛都具有的 本質，即是以法為身的本質。此外，此經還談及 了重重法界的相涉相入。本經有著濃厚的唯心思 想，可說是一種存在論的唯心觀。經中說：「若人欲了知，三世一切佛，應觀法界性，一切唯心造」，即可清楚了知其唯心論的深度。此外，在 「入法界品」裡，也談到菩薩的廣行，另外還有講菩薩的階位等。由於此經唯心思想濃厚，所以被認為對唯識學有一定的影響。雖說如此，但唯 識的許多重要觀念和名稱如阿賴耶、三自性等， 並未出現於此經中，所以此經只能當做是間接的思想性影響。
《解深密經》是最早的唯識經典，也是唯識 學派理論最根本的所依，此經大約是在公元300 年左右集出，並以阿毘達磨的形式來表現。所謂的「經典」原則上說，是佛陀在不同的地方，針對不同的根機，所說的不同教法。所以經的表現 基本上是比較故事性的、宗教性的、鼓勵式的， 不太有很嚴密的系統安排。而阿毘達磨論是經過佛弟子的研究整理之後所呈現出來的，所以組織嚴密，系統嚴謹。《解深密經》雖說是經，但它的組織結構系統清晰，類似阿毘達磨。換句話 說，其文學形式跟一般的經不太一樣。
《解深密經》的主要思想：
1. 三時教：有教﹙《阿含經》﹚、空教﹙《般若 經》﹚，還有亦空亦有教﹙《解深密經》﹚。
2. 觀念論﹙唯識無境﹚：因禪觀經驗而產生的唯 心思想，如前所述。在此經的「分別瑜伽品」 中，佛陀和彌勒菩薩的一段對話為「禪觀所產 生的唯心思想」作了很好的註腳。經中彌勒菩 薩問佛陀：禪觀中的觀境是唯心所現的，這容易理解，那一般生活中的外境難道也是心所變現的嗎？佛陀肯定的回答：是的，也是唯心所現。
3. 阿賴耶的思想：阿賴耶、阿陀那和種子思想， 在《解深密經》裡已明確提到。《解深密經》 的特別處在於，它把阿陀那當作一切種子識， 具有儲藏種子的功能，而阿賴耶的功能反而是 執持根身。再者，《解深密經》中講心意識， 沒有像後來唯識學者把它區分為三﹙心、意、 識﹚，它只講了「心」和「意識」。心就是指 阿賴耶，識是第六意識。在無著菩薩、世親菩 薩以後的唯識理論中，心指阿賴耶，意指第七 識的染末那，識是第六意識和前五識。
4. 三性思想：三自性是依他起性、遍計所執性和 圓成實性。三自性理論是唯識學的根本教義， 《解深密經》可說是最早成立這三性思想的經 典。
5. 依三無性成立大乘空義：三無性是三自性的相 反面，即相無自性性，生無自性性，勝義無自性性。《解深密經》以此三無自性性來說明一 切法空。阿賴耶和三性三無性等，皆是唯識學的主要教義。
《楞伽經》大約是在公元五世紀左右集出， 主要思想是如來藏、阿賴耶跟「空」的結合，並 以五法、三自性、八識、二無我為中心而闡述。 雖然玄奘大師將它歸爲唯識的經典，但實際上 本經具有濃厚的如來藏思想，是將如來藏思想作 系統化解說的經典，更是中國禪宗早期印心的經 典。此經雖歸宗於如來藏，但它裡面也確實有完 整的唯識體系，因此玄奘大師把它列為唯識的經 典。如來藏思想主要是強調佛性本具，說明一切眾生皆具完整的如來智慧德相，只是為煩惱無明 所覆蓋。楞伽經的重點是如來藏，然後跟阿賴耶 和「空相」結合。結合之後的理論是：一切眾生 本具的如來智慧德相是如來藏，這清淨的如來 藏被雜染所包裹，這內清淨外雜染的整體就是阿 賴耶。既然將如來藏跟阿賴耶結合了，那「空」 呢？經說外面的這一層雜染是「空」，是虛妄 的，裡面的這個佛性是勝義真實的，不能空。這就稱為空與不空如來藏。
《楞伽經》的另一重點是：五法、三自性、 八識、二無我。「五法」爲相、名、分別、正 智、如如，是世間和出世間的認識論。在世俗的認識上分為能分別的識和所分別的境。我們的六 識能了知、分別外境，所以稱為「分別」。識所 分別的境﹙對象﹚有名跟相，名就是名稱，相就 是具體的事物。我們認識到的對象無非就是這兩種：語言跟實體的事物。認識稱為「分別」，是因為我們的 認識都是由「分別」而產生的。人之所以能對一 件事物產生認識，就是因為能分辨它和其他事物 的不同點，由事物中名和相的不同特性比對而 產生認知。凡夫的認識都是帶有煩惱染污的，是 不真實的。如果經過修行，最終「轉識成智」， 這種清淨無染污的認識就稱為正智，這個正智即 般若。如如就是真理，是空性、無我、無常， 是一切法的真實樣貌（實相）。正智能認識諸法實相。就唯識學來講，世俗有世俗的認知，勝義有勝義的認知，這就是五法。三自性即遍計所執性、依他起性和圓成實性。八識是指前六識和第七識染末那、第八識阿賴耶。二無我指人、法二無我。
