平安時代真言宗僧侶源仁(818－887)亦稱池上僧都、南池院僧都，真言宗小野流之祖小野僧正(951－1046)之護摩達摩引用《南池院僧都口決》而說明《理趣經釋》所記載梵天、那羅延天、大自在天，"此三天神各治理三國，梵天治理天竺(印度);那羅延天(即毘濕奴)治理唐土(中國);大自在天治理日本。"以下對於大自在天治理日本做個說明:
- 三神器之一的神璽乃第六天魔王之信物
色究竟天主大自在天乃三千大千世界魔王，第六天魔王則是「大自在天」在「他化自在天」之垂迹，在「中世日本紀(日本院政時代至戰國時代針對日本神話敘事之總稱)」，有一則第六天魔王與日本開闢國土相關之神話。
內容是在開創日本之前，第六天魔王預知此國將成為佛土，故欲滅之而降臨此世。此時日本國主太陽女神天照大神(亦即大日如來)為能安其心，方便善巧權說假使創造了日本，自身成為國主，亦將避諱佛教，於是將魔王驅返魔天(《沙石集》等)。
此神話經由更改後的版本，則是魔王離開日本之際，給予一項信物作為憑證，這就是天皇統治日本國的皇權由來之三神器之一的神璽。如前述第六天魔王的本地乃「大自在天」，而可知日本國乃「大自在天」所治。
- 太陽女神天照大神=大日如來=大自在天
依《理趣經釋》所說明，大日如來在色界頂第四禪色究竟天成等正覺。因此天台密教的《溪嵐拾葉集》即云「真言教主(即大日如來)色究竟天成道，大自在天是也」將真言教主大日如來與大自在天等同視之。
又天台密教之本覺思想和神佛習合思想，將神國日本之元神太陽女神天照大神與大日如來等同視之，而如前述《溪嵐拾葉集》將真言教主大日如來與大自在天等同視之，因此《溪嵐拾葉集》即云「我國神國也，尋其元神天照太神也，此則大自在天也」如此一來，太陽女神天照大神即等同色究竟天之主大自在天了。所以日本國即由「太陽女神天照大神=大自在天」所治。
